2008-2009 Sezonu B Gençler Türkiye Şampiyonası İkinci Kademe müsabakaları 24 takımın katılımıyla 8 ayrı grup merkezinde oynandı.

3'er takımın yer aldığı grup müsabakaları sonunda birinci olan 8 takım finallere katılmaya hak kazandı.

Gruplarını birici sırata bitirerek finallere katılmaya hak kazanan takımlar şöyle:

Altay
Beşiktaş
Trabzonspor
Diyarbakır K.Pınar Bld.
Gençlerbirliği
Konya Şekerspor
Ankaraspor A.Ş.
Bucaspor

B Gençler Türkiye Şampiyonası finalleri 25-28 Haziran 2009 tarihleri arasında İstanbul'da oynanacak.